محلول‌های ضدعفونی کننده الکلی و غیرالکلی دو نوع محبوب از ضدعفونی کننده‌ها در مطب های دندانپزشکی هستند.
محلول‌های الکلی معمولاً حاوی اتانول یا ایزوپروپیل الکل هستند و بر روی طیف وسیعی از میکروارگانیسم‌ها از جمله ویروس‌ها، باکتری‌ها و قارچ‌ها اثر می‌گذارند.
اما استفاده طولانی‌مدت از محلول‌های الکلی ممکن است باعث خشکی پوست شود.
محلول‌های ضدعفونی کننده غیرالکلی معمولاً حاوی ترکیباتی نظیر کلرهگزیدین، بنزالکونیوم کلراید، یا پراکسید هیدروژن هستند.
این محلول‌ها کمتر احتمال دارد که باعث خشکی یا تحریک پوست شوند
انتخاب بین محلول‌های ضدعفونی کننده الکلی و غیرالکلی باید بر اساس نیازهای خاص هر مطب دندانپزشکی و ترجیحات شخصی انجام شود.
همچنین باید توجه داشت که بعضی از مواد شیمیایی یا پاک کننده‌ها می‌توانند صندلی یا تجهیزات را خراب کنند
